La rate est un organe lymphoïde secondaire placé en dérivation sur la circulation sanguine, mais non pourvu de vascularisation lymphatique : C’est le plus grand organe lymphoïde (environ 12 x 7 x 4 cm, un poids de 200 g). La pulpe rouge (plus de 80% du volume de la rate) est à la fois un site de destruction des hématies sénescentes et un réservoir d’hématies injectables par contraction de la rate. La pulpe blanche (moins de 20% du volume de la rate) est constituée de manchons ou gaines lymphoïdes périartériolaires (PALS, Periarteriolar lymphoid sheaths) : la couche périartériolaire d'un manchon est riche en lymphocytes T, et la zone périphérique ou zone marginale, riche en lymphocytes B, est organisée, comme dans les ganglions lymphatiques, en follicules lymphoïdes dites primaires qui peuvent devenir des follicules secondaires contenant des centres germinatifs.
La rate est le lieu principal de capture des Ag injectés dans la circulation sanguine : la pulpe rouge est un filtre à Ag et la pulpe blanche est l'organe de réponse.