Le tissu lymphoïde annexé aux muqueuses constitue à lui seul un SI commun aux muqueuses encore dénommé MALT (mucosal associated lymphoïd tissue). Ce système assure la protection des muqueuses exposées aux risques de l'environnement : muqueuses oculaire, respiratoire, digestive, urogénitale, etc. Les tissus lymphoïdes peuvent être diffus infiltrant toutes les muqueuses ou sous forme de nodules lymphoïdes comme la plaque de Peyer, l’appendice ou les amygdales. Il s’agit de structures individualisées, mais non encapsulés.

Au niveau des MALT, on remarque une prépondérance de la réponse humorale sur la réponse cellulaire avec une production considérable d'Ac appartenant à l'isotype IgA. Ces Ac sont capables de traverser les muqueuses donc d'en assurer la protection. Dans le tube digestif, des îlots lymphoïdes disséminés dans la muqueuse intestinale, appelés plaques de Peyer, lorsqu'ils sont volumineux, constituent le GALT (gut associated lymphoïd tissue).
Le GALT contient à lui seul plus de cellules immunitaires que tout le reste de l'organisme, il renferme les cellules "M", porte d'entrée pour l'échantillonnage des Ag et des pathogènes capturés par transcytose.